Юный Балтиец был построен в 1988 году в Санкт-Петербурге в качестве тренировочного судна для Парусного Клуба Юнга. Шхуна является первым парусно-моторным судном, построенным в России с 1913 года на государственному заказу.
Впервые Юный Балтиец принял участие в регате Cutty Sark Tall Ships’ Race в 1998. В период с 1998 года по 2001 судно проходило капитальный ремонт на Балтийском заводе. В 2001 году Юный Балтиец покинул верфь, однако из-за недостатка финансирования судно с этих пор не участвовало в международных парусных мероприятиях. С 2001 года Юный Балтиец вновь начал обучение молодёжи основам навигации, управления судном, хождения под парусом и работы с судовыми двигателями.
